Uiteraard bevat de antroposofische geneeskunde een heel stuk traditie. Deze komt niet alleen vanuit de antroposofische achtergrond, maar wordt ook deels overgenomen uit de homeopathie of de klassieke fytotherapie.

Maar in principe heeft de antroposofisch werkende arts ook de wereld van de mineralen, de planten en dieren op dezelfde fenomenologische manier bestudeerd als die waarmee hij patiënten bekijkt.

In het ideale geval kan hij bij het beeld dat hij zich innerlijk van zijn patiënt heeft opgebouwd een ander beeld voegen, namelijk dat van een plant of van een andere substantie (of van een combinatie van substanties) waarbij beide beelden met elkaar corresponderen. Of anders gezegd: in de antroposofische geneeskunde wordt uitgegaan van een parallellisme tussen een ziekteproces in de mens en een analoog proces in de natuur. De mens is sinds eonen geëvolueerd, samen met de natuur; hij heeft daardoor met de substanties en processen in de natuur een bepaalde verwantschap (die hij niet heeft met de chemische middelen die in de reguliere geneeskunde gebruikt worden).

Deze natuurlijke verwantschap tussen de mens en de substanties uit de natuur houdt niet in dat deze zonder meer geschikt zijn om in te nemen. Giftige stoffen bijvoorbeeld kunnen al in kleine dosering dodelijk zijn, terwijl andere substanties tot onze dagelijkse voeding behoren. De geneeskrachtige werking van een substantie moet vaak door een speciale bereidingswijze 'ontsloten' te worden.